在清潔驗(yàn)證調(diào)查中，經(jīng)常需要根據(jù)一個(gè)以上的目標(biāo)殘留物或化合物建立接受標(biāo)準(zhǔn)限制。局限性在于，它在一次試驗(yàn)中，只能檢測(cè)一種殘留物。因此在清潔驗(yàn)證中，多種化合物就需要多個(gè)分析實(shí)驗(yàn)才能完成。在這些實(shí)驗(yàn)中許多無(wú)法預(yù)料到的污染物和清潔劑可能會(huì)被忽略，在色譜中就會(huì)顯示出許多不明的峰。由于TOC是一種非專屬性方法，所以可toc分析儀檢測(cè)到超過(guò)一種的目標(biāo)化合物。由于設(shè)置和分析耗時(shí)過(guò)長(zhǎng)，使用 結(jié)果經(jīng)常是，要花一兩天的時(shí)間才能認(rèn)證設(shè)備符合清潔標(biāo)準(zhǔn)，由此造成生產(chǎn)停機(jī)。不明的峰以及高額的維修費(fèi)用都是導(dǎo)致停工的原因。另外，在對(duì)制藥設(shè)施進(jìn)行檢查后，發(fā)出的警告信中，是被引用最多的分析方法。近期的警告信所提到的問(wèn)題有，方法會(huì)導(dǎo)致不充分的檢測(cè)，無(wú)法確定不明的峰，無(wú)法在使用之前校正儀器，檢測(cè)的線性程度低，儀器準(zhǔn)確度的不足，無(wú)法在分析之前使儀器達(dá)到合適狀態(tài)等等。實(shí)驗(yàn)室運(yùn)行儀器的操作人員培訓(xùn)及認(rèn)證程度不足也受到高度關(guān)注。一封最近的警告信寫(xiě)道:“....測(cè)試的流程不全面，因?yàn)闃悠返倪\(yùn)行時(shí)間和保留時(shí)間......在你們提供的實(shí)驗(yàn)方法里沒(méi)有確定。我們的調(diào)查員發(fā)現(xiàn)貴實(shí)驗(yàn)室的員工習(xí)慣性地在活性峰洗脫后停止色譜的運(yùn)行，導(dǎo)致不能檢測(cè)到在活toc分析儀性峰之后洗脫的峰。用分析進(jìn)行清潔驗(yàn)證會(huì)有許多不確定因素。不明的峰，也就是“假峰”，是不確定因素之一，可導(dǎo)致冗長(zhǎng)的排除困難時(shí)間和驗(yàn)證操作的失敗。以往的進(jìn)樣、污染物、氣泡、柱內(nèi)的污垢，磨損的保護(hù)柱，以及樣品中痕量的污染物和清潔劑都是導(dǎo)致  需要更換組件的因素。比如，磨損的聚合物接頭或管材，被污染的保護(hù)柱會(huì)影響峰形，需要更換。根據(jù)峰形的變化，保護(hù)柱需要每周甚至每天更換，這大大地增加了計(jì)劃外的維修費(fèi)用。